Halle liegt am Nordwestrand der Leipziger Tieflandsbucht, der größere Teil östlich der schiffbaren Saale, die sich hier in mehrere Arme teilt und eine breite Flussaue bildet, und unterhalb der Mündung der Weißen Elster.

Auf einer Länge von 27 km fließt die Saale durch Halle. Die Stromsaale bewältigt dabei einen Höhenunterschied von 9 m. Um ihre Schiffbarkeit herzustellen, wurden fünf Wehre mit Schleusen errichtet. Zusammen mit den Nebenarmen, Hochwasserentlastern, Schleusen und Schleusenkanälen sowie Hafenbecken ergibt sich eine Gesamtlänge von 47 km Wasserläufen in der Stadt. Hinzu treten mit einer Durchflusslänge von 6,3 km die Weiße Elster, die Reide sowie weitere zufließende Bäche. Dazu befinden sich ungefähr 180 von Menschen angelegte stehende Gewässer im Stadtgebiet. Der Hufeisensee ist mit 73 ha der größte See der Stadt. Weitere größere Seen sind der Osendorfer See mit 21 ha und der Heidesee mit 12,5 ha.

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